ترتبط الإدارة العامة للشؤون القانونية بالرئيس التنفيذي للهيئة مباشرة، ويتكون الهيكل التنظيمي الخاص بها من ثلاث إدارات وهي: أولًا/ إدارة التقاضي: وتباشر إدارة التقاضي العمل على الاجراءات المتعلقة بالمرافعات أمام المحاكم المختلفة وذلك بحسب نوع الدعوى، بما في ذلك إعداد صحائف الدعوى واللوائح الاعتراضية وغير ذلك من المهام المتصلة بالمرافعة، كما تقوم بالنظر في التظلمات التي يقدمها أصحاب الشأن على القرارات الإدارية التي تصدرها الهيئة. ثانيًا/ إدارة الاستشارات القانونية: وتعمل على تقديم الاستشارات القانونية لكافة قطاعات الهيئة وذلك في المواضيع التي تحال إليها ويتم الطلب من خلالها بدارسة تلك المواضيع من الناحية النظامية، كما تقوم بمراجعة العقود التي ترغب الهيئة بإبرامها وذلك قبل اعتمادها، وكذلك تباشر العمل على مراجعة وإعداد اللوائح التنظيمية الداخلية الخاصة بالهيئة. ثالثًا/ إدارة نزع الملكيات: تعمل إدارة نزع الملكيات على مباشرة الإجراءات الخاصة بمشاريع النزع التي تشرف عليها الهيئة وذلك عن طريق نشر قرار النزع وتبليغ أصحاب العقارات واستقبال الطلبات المتعلقة بمشاريع النزع وإنشاء وترتيب ملفات العقارات وأي مهام أخرى نص عليها نظام نزع الملكية