- الإدارة العامة للدراسات والتصاميم : إدارة تعنى بأعمال الدراسات العمرانية والبيئية والتاريخية والنقل والموائمة فيما بينها لتحقيق أعلى معايير الجودة، برؤية تسعى أن تكون نموذج يحتذى به في الابتكار والتمكين والتطوير للمساهمة في التنمية.
- الإدارة العامة للتخطيط و التطوير : تُعنى ادارة التخطيط بتحقيق التميز العمراني والتخطيطي للمدينة وذلك بتطبيق أحدث المعايير ومبادئ التطوير العمراني والتنمية المستدامة المتوافقة مع رؤية المملكة (2030) ومراعاة الاحتياجات ودراسة المتطلبات علي ضوء المحددات والمقومات المتاحة في المنطقة من كافة النواحي (عمرانية ,اقتصادية , اجتماعية ,بيئية....). تعنى إدارة تطوير المحافظات بتحقيق اهداف هيئة تطوير منطقة المدينة المنورة في التطوير والتنمية الشاملة للمحافظات وفق رؤية المملكة 2030 وتعتبر إدارة المحافظات ممثل هيئة تطوير منطقة المدينة المنورة في المحافظات من النواحي التخطيطية والعمرانية.
- الإدارة الهندسية و المشاريع: تطبيق المبادئ والمفاهيم الإدارية والأسس الفنية لإنجاز المشاريع بمستوى عال من الجودة مع الحفاظ على الموارد.
- إدارة برنامج مشاريع النقل العام : تتكون ادارة برنامج النقل العام من ثلاثة ادارت تعنى بمسؤولية دراسات الجدوى والتصميم والتنفيذ والتشغيل لمشاريع النقل العام بالمدينة المنورة ، وذلك بهدف رفع مستوى الخدمة المقدمة لساكني وزائري المدينة المنورة وزيادة حصة مشاركة النقل العام من خلال مشاركة القطاع الخاص وتحقيق الخطط الاستراتيجية للنقل وتحقيق أهداف رؤية المملكة العربية السعودية 2030
- استديو المدينة : استديو هندسي يعمل تحت مظلة كلا من هيئة تطوير منطقة المدينة المنورة وامانة منطقة المدينة المنورة يعمل على مشاريع نوعية متعددة ذات طابع حديث مرتبط بهوية المدينة المنورة يهدف الى تعزيز الهوية العمرانية المدينية في كافة المشاريع وتفعيل الكود العمراني في المنطقة ويحرص على رفع جودة التصاميم الهندسية ومعالجة التشوهات البصرية