إدارات الهيئة
الإدارة التنفيذية للدراسات والتخطيط الحضري
الإدارة التنفيذية لاستراتيجية منطقة المدينة المنورة
الإدارة التنفيذية للخدمات المساندة
الإدارة التنفيذية للبيانات والابتكار
الإدارة العامة للشؤون القانونية
الإدارة العامة للتميز المؤسسي
الإدارة العامة للمالية
الإدارة العامة للمجالس واللجان
وحدة الرقابة المالية
إدارة المراجعة الداخلية
مكتب تنمية الوجهة
الإدارة التنفيذية للتسويق والتواصل
مكتب دعم ومتابعة مشاريع منطقة المدينة المنورة
الإدارة التنفيذية للمشاريع
الإدارة العامة لبرنامج النقل
الإدارة التنفيذية للتنمية الاجتماعية والاقتصادية